Potrebe za ukrepanje na področju inovativnosti in podpore razvoju znanj so v Republiki Sloveniji velike. V okviru OP ESPR 2014-2020 se bodo spodbujale inovacije v akvakulturi, saj je pokazala analiza so raziskovalne aktivnosti na področju akvakulture skorajda zamrle, prav tako je zastarela raziskovalna infrastruktura. Posledično je bilo v sektorju akvakulture identificirano pomanjkanje sodobnih znanj ter nezadostno uvajanje sodobnih proizvodnih tehnologij v prakso. Zaradi relativne majhnosti raziskovalne sfere, kaže spodbujati mednarodno znanstveno–raziskovalno sodelovanje in skupne raziskovalne projekte. Smotrno je podpreti predvsem aplikativne raziskave, kjer bi raziskovalci iskali rešitve za konkretne probleme deležnikov v akvakulturi. Z izvajanjem ukrepa se bo okrepila raziskovalna in razvojna dejavnost. S tem bodo zagotovljene pozitivne strukturne spremembe (rast dodane vrednosti, krepitev konkurenčnosti, večja inovativnost) ter tudi uresničevanje drugih pomembnih ciljev, kot sta zmanjšanje negativnih vplivov na okolje in trajnostno izkoriščanje naravnih virov.
Na področju morskega gospodarskega ribolova je smiselno podpirati inovativne naložbe v ribiška plovila, ki izboljšujejo kakovost ribiških proizvodov, in druge inovacije v ribištvu ter izmenjavo dobrih praks, še posebej za potrebe malega priobalnega ribolova, predvsem v severnem delu Jadranskega morja. Spodbujanje inovacij v ribištvu je zaradi majhnih in omejenih znanstvenoraziskovalnih zmogljivosti smotrno predvsem pri sodelovanju znanstvenoraziskovalnih institucij Republiki Sloveniji v skupnih projektih na ravni Jadransko-jonske makroregije.
Vlaganja v nove tehnike in tehnologije predelave, tudi v smislu inovacij v povezavi z živilsko industrijo, bo omogočila nove ali izboljšane postopke ter nove ali izboljšane sisteme upravljanja in organizacijske sisteme. Konkurenčna sposobnost slovenskega ribiškega sektorja bi se tako okrepila na področju razvoja ali uvajanja novih ali bistveno izboljšanih proizvodov, postopkov, tehnik ter sistemov upravljanja in organizacijskih sistemov v predelovalni industriji.
