Partnerski sporazum je dokument, ki mora vsebovati jasne utemeljitve izbranih strateških prioritet v državi, ob upoštevanju spodbujanja sodelovanja in koordinacije med različnimi deležniki in pripravljen mora biti na transparenten način, tako da so dane zaveze tako Evropski komisiji kot vključenim deležnikom.
Vsaka država članica na podlagi skupnega strateškega okvira, ki ga sprejme Komisija, v sodelovanju s partnerji in po posvetovanju s Komisijo pripravi partnerski sporazum, ki mora prenesti elemente iz skupnega strateškega okvira v nacionalni kontekst in določiti trdne zaveze doseganju ciljev Unije s programiranjem skladov SSO.
Partnerski sporazum zajema obdobje od 1. januarja 2014 do 31. decembra 2020. Zajema vso podporo iz skladov SSO v zadevni državi članici. Dokončen partnerski sporazum predloži država članica Komisiji v treh mesecih po sprejetju skupnega strateškega okvira. Vsebina pogodbe o partnerstvu je podrobneje določena v Uredbi o skupnem strateškem okviru. V Sloveniji koordinira pripravo partnerskega sporazuma Služba Vlade RS za razvoj in evropsko kohezijsko politiko.
